ТОО "Авиационный учебный центр" существует с 17 ноября 2006 года. Постановлением Правительства Республики Казахстан  № 1085 было создано Республиканское государственное предприятие на праве хозяйственного ведения «Государственный авиационный центр» Комитета гражданской авиации Министерства транспорта и коммуникации Республики Казахстан.
Основным предметом и целью деятельностью предприятия является осуществление производственно – хозяйственной деятельности в области образования, включающего первоначальную подготовку лётного состава для гражданской авиации и лиц допризывной молодежи для Военного института Сил воздушной обороны Вооруженных Сил Республики Казахстан.
27 сентября 2008 года РГП «Государственный авиационный центр» получил государственную лицензию на техническое и профессиональное образование.
РГП "Государственный авиационный центр" постановлением Правительства Республики Казахстан от 27 апреля 2012 года № 538 был преобразован в ТОО "Авиационный учебный центр".
Имеется сертификат выданный на основании Акта сертификационного обследования авиационного учебного центра комиссией Комитета гражданской авиации Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан от "18" июля 2011 года.